某科学的超电磁炮第二季全集故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level 6），实际只是理论上存在进化为Level 6的可能，并没有哪一个角色成功进化为Level 6（在本篇《魔法禁书目录》中，最强的Level 5一方通行被树形图设计者（Tree Diagram） ，就是世界上最强悍的一台计算机认定为唯一有可能进化为Level 6的人，（“妹妹计划”也由此展开））。每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次。女主角御坂美琴是就读于学园都市名门贵族女校“常盘台中学”的十四岁少女。在学园都市中只有七人的Level 5超能力者排行第三。拥有操纵电击的能力，因此被称为“电击使”。引这部作品，不但通过美琴的视角来描绘学园城市的平常而不平凡的日常生活，也叙述了学园城市秘密进行地有非人道性质的实验（如泰鲁斯提娜·木原·LL）。从而使大家对于这部作品及本篇魔法禁书目录的背景（世界观）的认识也慢慢变得清楚。注：本作品是《魔法禁书目录》的官方外传，漫画的时间轴与《魔法禁书目录》平行，而动画版的在时间轴上和原作有冲突，并非续作。

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